連云港邊防檢查站的前身是山東邊防保衛局連云分局，組建于1951年5月1日，1952年7月正式改編為連云港邊防檢查站。

　　建站以來，先后進行了多次體制調整和改編，現歸建中國人民武裝警察部隊序列，隸屬于江蘇公安邊防總隊，為一類站。連云港邊檢站所在口岸類型為水港（海港），種類為一類口岸，所轄水域面積29.7平方公里，現有各類碼頭泊位35個，其中萬噸級以上泊位30個；與160多個國家和地區的港口建立通航關系，辟有歐洲、美洲、中東、東北亞、東南亞等集裝箱和貨運班輪航線40多條，并開通了韓國仁川、平澤兩條大型客箱班輪航線，是全省既有船檢業務又有旅檢業務的海港邊檢站。